Výhody použitia gélu

Gélová elektroforéza je proces jednotlivých kmeňov DNA tlačením cez gélu umiestneného vo vykurovanom (a ktoré sa vzťahuje) tabuľky. Priepustnosti gélu spôsobuje väčšie fragmenty oddeliť prvý a zároveň menšie fragmenty pokračovať až do gélu. Vzhľadom k tomu, prvé experimentálne použitie v roku 1930, je gélová elektroforéza bola zdokonalená pomocou rôznych typov gélu. Počnúc sacharózy a potom škrobu gély, DNA oddelenie v elektroforéze značne vzrástol s moderným použitia agarózy a acrylaminde gély. S rozvojom kapilárnej elektroforézy, určité výhody a nevýhody sú zrejmé pre obe metódy. Agarózovom géle

agarózovom géle ľahko naleje na použitie a vzorky môžu byť ľahko obnoviť. Gél je tiež vysoko upraviteľný zvýšiť vzdialenosť medzi veľkými a malými molekulami DNA. Vzhľadom k tomu, že je vyrobený z cukru prítomného v morských rias, agarózy je lacnejšie ako alternatívy a bezpečnejšie gél prípravok pre použitie v elektroforézu.
Akrylamid Gél

ako agarózy, akrylamid je ľahko modifikovať. S vyššou nosnosťou, je možné spustiť viac vzoriek súčasne. To je hlavná výhoda oproti agarózy je, že akrylamid má menšie póry, čo je vhodnejšie pre separáciu menších molekúl DNA, ktoré agarózovom géle nebude môcť oddeliť. Avšak, bublajúce je väčší problém pre akrylamidu, a pretože akrylamid je neurotoxín, to môže byť veľmi nebezpečné pracovať.
Kapilárna elektroforéza

Vzhľadom k tomu, teplo odvádza rýchlo v polyméru, kapilárnej elektroforéza trvá kratšiu dobu než gély, minút v porovnaní s hodín. Rovnako tak, pretože výsledky sú sledované elektronicky celý proces môže byť automatizovaný. Avšak, kapilárna elektroforéza nebeží toľko vzoriek súčasne ako gély a stroje (cena na viac než 100.000 dolárov za jednotku) a činidlá náklady podstatne viac, než gélové spôsobe separácie, takže väčšina laboratóriá nemajú prístup k technológie.